Vamos ver os exemplos:
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De Curitiba a Porto Alegre, o roteamento sempre deve ser pela BR-290/BR-101, para caminhão, carro, ônibus, moto ou qualquer outra coisa. Eu imagino que quem discorda disso nunca tenha feito o trajeto pela BR-116.
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De São Leopoldo a Caxias do Sul, o roteamento deve ser feito pela ERS-240 (duplicada), ERS-122 (duplicada até São Vendelino, depois simples) e RSC-453 (duplicada). Colocar a BR-116 como trunk nesse trajeto significa priorizá-la, em detrimento da melhor rota, mesmo com o trecho da ERS-122 como primary (eu também não concordo em elevar esse trecho para trunk). Já se a BR-116 fosse primary nesse trecho, os roteadores dariam preferência ao trajeto correto.
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De Caxias do Sul a Vacaria, o melhor trajeto é pela ERS-122, e não pela BR-116 (elas se encontram um pouco antes de Vacaria).
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De Osório a São José do Norte, tanto faz o que se faça com a BR-101. O roteamento sempre vai ser por ela, visto que é a única estrada (de Osório a Capivari do Sul, ainda seria possível ir por outro caminho, fazendo uma volta bem longa). A BR-101 nesse trecho é insignificante, no contexto nacional, e não há motivo para ela ser trunk.
O maior problema que eu vejo (e não só no roteamento) é igualar uma rodovia simples a uma rodovia duplicada. Isso é real. O que eu não entendo é por quê não diferenciar rodovias simples de duplicadas. Nós temos 6 classes ao nosso dispor. As rodovias pavimentadas simples importantes podem ser primary e as menos importantes secondary. O problema inicial, pelo que eu vejo, é que se mapeou tudo como primary, então ficou difícil enfatizar as rodovias simples importantes.