как минимум, можно man made=tunnel поставить на контур тоннеля.
А так - зависит от того, что “проходит” через тоннель. Если туда тропка подходит, то можно “провести” ее через тоннель с тегом tunnel=yes+layer=-1. Ну или как выше предложили (“канава”)
Я думаю, принциально проблема в том, что у тебя части выступают за объём здания. Т.е., в твоей трактовке, то, что объявлено зданием, начинается от 4-го этажа, а некоторые части, наоборот, идут до 4-го, но тогда какие они части?
Если внимательно прочитать страницу https://wiki.openstreetmap.org/wiki/Simple_3D_buildings, то тег building:min_level=* применяется только к частям, но не к линии building=*. Outline здания обозначает только контур проекции здания на горизонтальную плоскость и может нести тег максимальной высоты, чтобы только по тегам объекта building можно было грубо изобразить здание призмой заданной высоты.
Можно заметить, что osmbuildings.org по-другому рендерит это здание, но тоже не как надо.