Osmosis como libreria en java

Hola que tal soy un poco nuevo en el tema, lo que necesito es saber como utilizando la libreria de osmosis, poder filtrar nodos, vias relaciones de un cuadro delimitador dado. el archivo en si es osm.pbf. o bien como hacer un recorte , es decir generar un nuevo archivo.pbf mas pequeño, vi que con la linea de comandos eso es posible pero lo que quiero es hacerlo en java.