Аптека № 25, гимназия № 27 - это имена собственные и использование таких названий в name=* допустимо. А вот использование номеров школ в ref=* довольно сомнительно.
почему сомнительно? Вполне себе номер.
Алгоритм:
- Выдумать то, что в названии ни в коем случае не должен содержаться “тип”.
- Выдумать то, что часть названия является “типом”.
- Выдумать тег для этого “типа”.
- Удалить из названия этот “тип” и всё остальное, что можно представить другими тегами (а ими можно представить что-угодно).
Результат: названия не существует.
Пример для 3, где “тип” объявляется не просто “типом”, а даже “официальным типом” - тег official_short_type со значениями ТК, ТЦ, ТРК, ТРЦ.
Те, кому этот алгоритм не кажется странным, конечно же смогут объяснить, чем тип “гимназия” отличается от типа “лицей”, и чем тип “ТК” отличается от типа “ТЦ”.
Номер - это ещё не ref.
ref - это идентификатор объекта в определённой системе, причём у каждого однотипного объекта в этой системе должен быть свой уникальный идентификатор. Нужен для того, чтобы совершенно точно указывать на объект, когда имя объекта с этим не справляется (повторяется или вовсе отсутствует) - это главная и определяющая функция ref.
Ref’ы есть у всех федеральных и региональных дорог России и они не повторяются;
номера участков не повторяются на территории СНТ;
в различных списках ref:whc=, ref:oktmo=, gvr:code=* - то же самое (кстати, заметил, что конкретно ref=* используется только когда система к которой относятся идентификаторы понятна по умолчанию, в остальных случаях система обозначается через другие ключи)
Для школ же система ref’ов вовсе отсутствует.
Но давайте предположим что она есть и попробуем определить границы этой системы. В первом приближении система должна быть
в пределах муниципального образования или населённого пункта, это должны быть общеобразовательные учреждения и они должны быть государственными (у комерческих могут быть свои ref)… Потом находим, что существует отдельная нумерация для лицеев, гимназий, вечерних, начальных школ… а в то же время может быть и общая нумерация… плюс ко всему есть множество непронумерованных объектов. Т.е. понимаете, номер здесь не может совершенно однозначно указать на объект из-за неопределённых правил присвоения номера.
Вывод: номер школы не является ref’ом, поскольку не выполняет основную его функцию, а используется исключительно как часть названия. (кстати, ни разу не встречал, чтобы где-нибудь был написан просто номер, без “Школа №”). И даже в osm предлагается использовать его только как часть конструктора названия.
А в следующем абзаце вы обосновываете несколько другое
“ref - это не обязательно номер”
Рассмотрите номер платформы.
Номер уникален в пределах вокзала. Номер школы в пределах города. Государственные школы имеют именно общую нумерацию. Я уже писал, что в Москве есть только школы, а не гимназии и т.п.
Частные лавочки, разумеется, могут не входить в данную систему. Но это не делает систему отсутствующей
Возможно, список в Википедии неактуальный, но он противоречит этой гипотезе, включая, например, интересный объект Государственное бюджетное общеобразовательное учреждение города Москвы "Лицей “Вторая школа”.
Похоже, что процесс ещё не закончен. Часть учреждений в схему ещё не загнали.
Вообще-то, есть такая штука, как усав школы. Он и определяет название. Вот оттуда это разнообразие до сих пор и прет.
Там, кстати, есть ещё приказ от 2016-02-19:
Отсюда видим что это действительно больше не “лицей”, а “общеобразовательное учреждение”, а все прочие слова – это его название. Это соответствует упоминаемому там же 273-ФЗ, ст.23, в которой тоже нет никаких “школ” и “лицеев”, а есть только "общеобразовательная организация». А все эти номера — это просто традиционные названия, к которым привыкли в советское время, причем здесь вообще написали не «Школа №2», а «Вторая школа».
Нет, тут дело совсем в другом. В Уставе пишется Вид, Тип, Полное наименование и Сокращённое наименование. Это - канцеляриты!
В Москве было аж 4 детских сада с номером 6 некоторое время назад. Потому что был некоторый бардак. Но юридически всё верно. Есть учреждение с учредительными документами, всё оформлено, “есть бумажка - есть человек, нет бумажки - нет человека”. Юридически организация не обязана подчинятся какой-то системе номеров.
Всё это осложняется сложносочинённой системой подчинений. Есть федеральные учреждения (подчиняются федеральной власти), государственные (подчиняются региональной власти) и муниципальные (подчиняются местной власти). В Москве, например, нет муниципальных образовательных учреждений. Но есть федеральные. И федералы могут свои школы и детсады нумеровать как душе угодно. Кроме них есть всякие ведомственные подчинения (школа “Самбо-70” подчинена Департаменту физкультуры и спорта, а школа-интернат № 24 была передана в ведение Департамента социальной защиты), есть негосударственные номерные учреждения (например, детские сады РЖД). Кроме того, организации даже не обязаны находиться на территории формальной принадлежности, есть областные организации на территории Москвы (например, Красносельская школа-интернат) и городские за её пределами (например, школа № 1456). Некоторые школы являются частью колледжей (например, бывшая школа № 1066 является частью колледжа № 38).
Даже когда один из участников процесса делает потуги по приведению системы нумерации в какую-то ортогональную систему, он не может заставить других участников делать то же самое. Поэтому просто запомните раз и навсегда: нет никаких номеров у учреждений, есть только названия! Чисто канцелярские названия, написанные в Уставе. Сопровождаемые многочисленными сопутствующими словами, структура которых очень и очень сложна.
Для вникания в глубину проблемы - формальный список школ Юго-Западного округа Москвы по состоянию на 2015 год https://yadi.sk/i/EfblvcVLCVQn2w
Обратите внимание на школу 1106 - там реально сокращённое наименование КАПСОМ и это реально так и надо писать в документах, чтобы было юридически значимо!
Относительно школ не спорю, но номера аптек – настоящий “ref = *”.
Ага, что у школ нет номера, доказали.
А с аптеками какие будут ваши доказательства?
ПОТОМУ ЧТО АПТЕКА !! 
единая сквозная нумерация аптек закончилась с окончанием централизованного государственного хозяйствования СССР.
остались некоторые памятные сссровские номера аптек, новые хозяева их используют в качестве имени.
но номером в каком либо централизованном списке может уже и не являтся.
как и со множеством других объектов.
В пределах одной аптечной сети (а большиство аптек — сетевые) вполне могут быть номера аптек.
а вот и нет 
Граждане. А как по-вашему должен определять наличие сети и какой-то системной нумерации простой советский маппер? Выходит, что просто идя мимо и увидев “Аптеку № 123” он не может ее замапить не изучив предварительно всю подноготную конкретного бизнеса. Ибо не знает, ref это или name.
И пример на последок.
В СПб есть сеть общепита с названием “Столовая № 1”. Их много. И все они № 1. 
сетевые с названием #1 известны, потому что все они #1.
Среди известных мне примеров номера государственных аптек могут использоваться как ref, если разобраться с номерами аптек/аптечных пунктов (которые тоже аптеками называют) и формой записи, только это не повод опустошать name=*.
К слову, ref может не совпадать с номером в названии. Пример - какой ref у дополнительного офиса №9038/01598 Сбербанка? Правильно - 038903801598. Поэтому и должна быть система (часто отображается в виде таблиц, где для кода отдельный столбик). Без неё можно только гадать - является ли номер в названии ref’ом или нет.
У нас есть “Цветочная №16”, остальных 15-ти я не видел, хотя и искал
Во всяком случае, можно написать в name = *; всегда можно перенести в ref = * позже.
Я бы вот на это не закладывался. Даже улицы бывают не уникальны, не то что школы.
Да вот, например:
https://www.openstreetmap.org/way/283542656#map=18/56.80309/60.60833
и
https://www.openstreetmap.org/way/41814150#map=17/56.90256/60.60862
Обе подпадут под amenity=school ref=18
Это я еще не брал мелкие поселки, включенные в состав города, там тоже школ № 2, № 3 полно с советских еще времен.