Protobuf версии 3 уже достаточно распространился. А в некоторых языках версия 2 не поддерживается совсем или поддерживается плохо. Не рассматривает ли сообщество переезд со 2 на 3 версию?
Для переезда нужно избавиться от дефолтных значений в fileformat.proto и osmformat.proto, и убрать оттуда ключевые слова required и optional.