Isso levanta algumas questões interessantes sobre como definir a melhor rota (que ainda não discutimos): seria a melhor rota para qualquer tipo de tráfego motorizado? Ou para o tráfego motorizado principal/mais comum (automóveis individuais)? Ou para o de grande porte (carga)? Ou ainda, marcamos ambas as rotas como importantes? Se marcamos ambas, há alguma outra categoria de transporte a considerar (ônibus, motos)? São muitas perguntas, mas só pra ninguém se assustar: quase sempre as respostas pra todas essas perguntas apontam pra mesma rota.
Se o transporte de carga optar pela BR-116 como melhor rota entre Porto Alegre e Curitiba (desconsiderando as rotas que param em outros pontos para fazer coleta/entrega de carga), então por mim poderia ser trunk. No caso dos caminhões, eu não tenho como confirmar essa informação, e então devemos valorizar a opinião de quem trabalha com essa modalidade. Se alguém souber quais sistemas as empresas de logística usam para determinar as melhores rotas, podemos ter mais certeza.
A BR-116 certamente é um caso complicado. Nesse trecho, ela é 50km mais curta do que a BR-101, mas a velocidade máxima para os caminhões também é menor, o que, grosso modo, a tornaria um caminho um pouco mais demorado. Digo grosso modo porque os detalhes podem indicar o contrário.