надо заметить, использование “похожих” тэгов иногда дает непредсказуемые результаты - в Питере для НИИ поставили amenity=university, в результате после конвертации на карте в гармине
отрисовывается школьный автобус с подписью “Институт детских инфекций” D:
Ну это ошибка конвертора однозначно 
university - это учебное заведение, а не НИИ, так что это ошибка, но не конвертора. )
Накладываю amenity=hospital на всю территорию больницы. Это в корне не верно?
А на ней просто здания. Зато сразу понятно, что это территория больницы, или школы там, к примеру… Заодно и забор не надо рисовать… 
Что в общем-то важно для гм маршрутизации
На счёт всяких разных amenities в одном здании – главное, что бы не перегружать картинку. В мапнике вообще большинство точечных poi не рисуются, хоть и пользуюсь растровой рендереной картой, всё равно рисую poi для тех, кто их видит. Точками внутри строения.
Рисовать главные точки, магазин, аптека, кинотеатр. Не бывает же обычно “свалки” разномастных заведений в одном доме? А если бывает, то это или супермаркет – когда главный в строении магазин, где и еда и “хозмаг” (условно) – так там и аптечка обычно подразумевается, и всё такое прочее – это и изображать не надо.
Или просто магазин из ранга ТЦ – торговый центр, изобразить основную его направленность и хорош. А там уж и сотовый ларёк скорей всего есть, и иже с ним.
Точки рисую ближе к основному входу заведения – как минимум видно где вход, и если уж такой скромный навигатор, что только poi – poi и приведёт к двери заведения, что и требовалось
Если магазины из разряда – выкупили квартир на первых этажах жилого дома, и понарезали там от “мото-вело” до “цветы”, “аптека”, “шторы”, “джинсы”… (реальный случай) нуу…)) не знаю. Обозначать точками однозначно, (опять же ближе к реальному входу, внутри здания). В зависимости от местной значимости заведения. Если оно единственное такой направленности в округе 10 км в спальном районе города (это уже важное заведение!), то изображать, а если в ближайшем ТЦ таких пять, если по закоулкам полазать)) то и не надо, наверное.
Как-то так…))
Для ленивых немцы сделали amenity editor - забавная штука, может кому пригодится.
Точно такая же мысль пришла 
Каждый наносит то, что знает лучше.
Вот следует преследовать две основные цели: донести факт наличия объекта в данном месте гостю города - тут следует представить себя гостем города, средне-статистич. конечно же, всем не угодишь. И второе: для себя-любимого! Тут немного можно и накидать объектов, сомнительных для общественности, однако же уникальные места рыбалки, ‘свое’ место для пикника - почему бы и нет? Имею право:) карта и моя тоже! Кончено же, в меру. И не перегружая.
И исходя из этого и рисовать.
upd: а отдельные ТЦ, имеющие название прям в name=Патерсон и пишу. Начиная с приличных масштабов вполне на здании себе название. Видно, значит кому-то полезно.
Кстати, а как следует обозначать исследовательские институты?
у меня ландусе=индастриал, внутри строения.
мне кажется, от нии до завода ближе, чем от нии до, скажем, университета…))
Если здание- то просто name=НИИ картографии
Если территория - то это можно нарисовать замкнутую линию в для забора barrier=fence в надежде что в будущем будут одобрены теги для обозначения режима доступа на территорию.
Что скажешь по поводу НИИ русского языка или НИИ США и Канады. Это тоже завод?
Про НИИ вопрос так и не прояснен. Может, отдельный тип amenity под них сделать?
Из похожего есть http://wiki.openstreetmap.org/wiki/Proposed_features/Science_Park , который висит с 2007 года, и там нет ничего конкретного.
И http://wiki.openstreetmap.org/wiki/Proposed_features/research_institution , не принятый по результатам голосования.
Вообще, НИИ не может быть amenity, по моему мнению.
НИИ ближе всего к landuse=industrial, хотя xасто располагается в отдельных зданиях и может не иметь явно выделенной территории.
Это же вроде для обозначения Emergency Room, аналогов которым в эрэфии нет. Разве что травмпункты.
“Медицина катастроф”. не?
А чем обозначить Водозаборный узел (ВЗУ)?
я так понял, что ER и A&E приведены как примеры. У нас, в РФ, есть отделения скорой медицинской помощи при больницах, куда, собственно, и поступают больные с катастроф (accidents) и в опасном состоянии (emergency). Собственно в не оборудованные больницы с скорой не возят (ну если только не совсем припрёт). Так что аналог есть 
Травмопункт, ЕМНИП, входит в отделение скорой.
По ссылке народ склоняется к мысли о building=research_institute (вы тоже вот против amenity, но за идею в целом). Может, соорудите пропозал про landuse или этот самый building?