Die entsprechenden Änderungen der Software dürften beim nächsten Update der OSM-Instanz von iD ausgerollt werden. Das Verhalten der Beta-Version mit dem Nicht-löschen-wenn-in-Relationen-Fix kannst du hier testen.
Gibts die Warnung nicht schon? Ich würde behaupten ich hab sowas schon mal gelesen in ID als Meldung …